国立水俣病総合研究センター内の管理・運営業務を担う部門です。主な業務として、①国立水俣病総合研究センターの人事・組織の管理、広報、②予算の編成、執行管理、決算、③各種行事・会議に係る企画立案及び実施、④水俣病の水銀に関する各種問合せ窓口を担います。

水俣病情報センターを中心とした水俣病の理解の促進や情報発信、また、水俣病の社会的問題の解決や地域振興に関する研究を行うとともに、国際協力・研究の推進として、精度の高い水銀分析技術の研究や水銀分析法の精度管理を実施しています。

国際・情報室

水俣病の理解の促進、教訓の伝達、研究成果の発信、情報センターの運営、維持管理を担当しています。

水銀分析技術研究室

より精度の高い水銀分析の研究と水銀分析の精度管理を行っています。

「メチル水銀の健康影響」と「地域の福祉向上への貢献」に携わっています。具体的には、脳磁計やMRIを用いたメチル水銀曝露のヒト健康影響評価及び治療に関する研究やクジラ多食地域におけるメチル水銀曝露に関する研究が進行中で、また水俣病患者様へのリハビリテーションを週2回実施し、ホームページや講習会を通してリハビリテーション技術や介助技術の情報発信を行っています。さらに、地域の介護予防事業の充実にも参加し、地域との連携を深めています。その他、メチル水銀の健康影響、病態と治療に関する基盤研究を進めています。

総合臨床室

水俣病の臨床医学的調査及び研究並びにこれらに必要な範囲内の診療を行っています。

「メチル水銀の健康影響評価と治療への展開」、「メチル水銀の環境動態」、「地域・福祉向上への貢献」、「国際貢献」に携わり、メチル水銀中毒の病態メカニズム、メチル水銀のリスク評価、さらに自然環境における水銀に関する研究を進めています。
また、海外や日本国内から提供された毛髪の水銀分析を行うことによる情報提供、水俣病病理標本を用いた情報発信、および科学技術研究に関するアウトリーチ活動を実施しています。

毒性病態研究室

メチル水銀中毒の毒性病態に関する研究を行っています

衛生化学研究室

メチル水銀中毒の衛生化学に関する研究を行っています。

主として、環境（大気、水、土壌、生物）における水銀の動態に関する研究、及びメチル水銀曝露のヒトにおける健康影響に関する環境保健学的研究を行っています。

生態学研究室

生態学の観点から、水俣病の自然科学的な調査及び研究を行っています。

環境保健研究室

水俣病の疫学的調査及び研究並びに水俣病に関する医学的調査及び研究に必要な情報の収集及び整理を行っています。