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運算生物學

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測序嘅基因組。

運算生物學英文computational biology)係指用科學運算方法解決生物學問題嘅領域。

同(例如)運算物理學比起嚟,運算生物學比較傾向用個體為本模型(agent-based model),例如係進化論生態學等領域上嘅研究都成日要分析一大柞個別噉做決策嘅個體(動物或者植物個體呀噉)之間嘅互動,以及係呢啲互動出嘅結果,而由於基因突變等嘅現象,生命呢家嘢本質上就實會有可能存在個體差異-因為噉,個體為本模型就啱嗮,例子可以睇吓對物競天擇(natural selection)等嘅現象嘅模擬[1][2]

雖然話生命現象傾向似個體為本模型,但運算生物學當中都有用到方程為本模型,例如洛卡-伏塔拉模型(Lotka-Volterra model)就係一個好出名嘅生物學方程為本模型。

睇吓

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  1. McLane, A. J., Semeniuk, C., McDermid, G. J., & Marceau, D. J. (2011). The role of agent-based models in wildlife ecology and management. Ecological Modelling, 222(8), 1544-1556.
  2. Vincenot, C. E., Giannino, F., Rietkerk, M., Moriya, K., & Mazzoleni, S. (2011). Theoretical considerations on the combined use of System Dynamics and individual-based modeling in ecology. Ecological Modelling, 222(1), 210-218.