Heliorhodopsin
Heliorhodopsin ist die Bezeichnung für eine Familie von Rhodopsinen, die 2018 von Alina Pushkarev im Labor von Oded Béjà entdeckt wurde.[1] Die Proteinsequenz in dieser neuen Familie der Heliorhodopsine unterscheidet sich von den zuvor bekannten Rhodopsinen vom Typ 1 (mikrobiell) und Typ 2 (tierisch). Heliorhodopsine weisen außerdem im Vergleich zu herkömmlichen Rhodopsinen eine umgekehrte Orientierung in der Membran auf, indem der N-Terminus ins Zellinnere und der C-Terminus ins Zelläußere zeigt.[1]
Heliorhodopsine benutzen all-trans-Retinal als Chromophor und fungieren nicht als Ionenpumpe durch die Membran. Heliorhodopsine sind weltweit verbreitet und kommen in Eukaryonten, Prokaryonten und sogar in einigen Viren vor.[1] Trotz der weiten Verbreitung sind Heliorhodopsine nie in echten Didermen vorhanden, bei denen der Mikroorganismus von einer echten Doppelmembran umgeben ist (typisch für gramnegative Bakterien). [2]
Quelle: Protein Data Bank: „6IS6“.[5]
Die Kristallstrukturen der Heliorhodopsine deuten darauf hin, dass sie ein Homodimer bilden, eine zum Retinal-Molekül führende Öffnung (englisch fenestration) haben, sowie eine große extrazelluläre Schleife (en. loop), die zur Außenseite der Zelle gerichtet ist.[6][7][8]
Literatur
[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]- Paul-Adrian Bulzu, Vinicius Silva Kavagutti, Maria-Cecilia Chiriac, Charlotte D. Vavourakis, Keiichi Inoue, Hideki Kandori, Adrian-Stefan Andrei, Rohit Ghai: Heliorhodopsin Evolution Is Driven by Photosensory Promiscuity in Monoderms. In: mSphere, Band 6, Nr. 6, 22. Dezember 2021, e0066121; doi:10.1128/mSphere.00661-21, PMID 34817235, PMC 8612252 (freier Volltext), Epub 24. November 2021.
Einzelnachweise
[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]- ↑ a b c Alina Pushkarev, Keiichi Inoue, Shirley Larom, José Flores-Uribe, Manish Singh, Masae Konno, Sahoko Tomida, Shota Ito, Ryoko Nakamura, Satoshi P. Tsunoda, Alon Philosof: A distinct abundant group of microbial rhodopsins discovered using functional metagenomics. In: Nature. 558. Jahrgang, Nr. 7711, Juni 2018, S. 595–599, doi:10.1038/s41586-018-0225-9 (englisch, nature.com). ResearchGate.
- ↑ José Flores‐Uribe, Gur Hevroni, Rohit Ghai, Alina Pushkarev, Keiichi Inoue, Hideki Kandori, Oded Béjà: Heliorhodopsins are absent in diderm (Gram‐negative) bacteria: Some thoughts and possible implications for activity. In: Environmental Microbiology Reports. 11. Jahrgang, Nr. 3, Juni 2019, S. 419–424, doi:10.1111/1758-2229.12730 (englisch, wiley.com).
- ↑ NCBI: Thermoplasmatales archaeon SG8-52-1 (species).
- ↑ GTDB: GCA_001595805.1 SG8-52-1. Genome Taxonomy Database.
- ↑ PDB: 6IS6. Auf: rcsb.org
- ↑ Wataru Shihoya, Keiichi Inoue, Manish Singh, Masae Konno, Shoko Hososhima, Keitaro Yamashita, Kento Ikeda, Akimitsu Higuchi, Tamaki Izume, Sae Okazaki, Masanori Hashimoto: Crystal structure of heliorhodopsin. In: Nature. 574. Jahrgang, Nr. 7776, Oktober 2019, S. 132–136, doi:10.1038/s41586-019-1604-6 (englisch, nature.com).
- ↑ K. Kovalev, D. Volkov, R. Astashkin, A. Alekseev, I. Gushchin, J. M. Haro-Moreno, Igor Chizhov, S. Siletsky, M. Mamedov, A. Rogachev, T. Balandin, V. Borshchevskiy, A. Popov, G. Bourenkov, E. Bamberg, F. Rodriguez-Valera, G. Büldt, V. Gordeliy: High-resolution structural insights into the heliorhodopsin family. In: PNAS, Band 117, Nr. 8, 7. Februar 2020; doi:10.1073/pnas.1915888117. Dazu:
- Korrektur
- K. Kovalev, D. Volkov, R. Astashkin, A. Alekseev, I. Gushchin, J. M. Haro-Moreno, A. Rogachev, T. Balandin, V. Borshchevskiy, A. Popov, G. Bourenkov: High Resolution Structural Insights into Heliorhodopsin Family. In: bioRxiv. 12. September 2019, S. 767665, doi:10.1101/767665 (englisch, biorxiv.org). (PrePrint).
- ↑ Yang Lu, X. Edward Zhou, Xiang Gao, Na Wang, Ruixue Xia, Zhenmei Xu, Yu Leng, Yuying Shi, Guangfu Wang, Karsten Melcher, H. Eric Xu: Crystal structure of heliorhodopsin 48C12. In: Cell Research. 30. Jahrgang, Nr. 1, Januar 2020, S. 88–90, doi:10.1038/s41422-019-0266-0, PMC 6951262 (freier Volltext) – (englisch, nature.com).