ここは松永研究室@埼玉大学のGitHub organizationです。研究に使う情報やコード・データを整理整頓して他のメンバーと共有し、研究を進めることが目的です。 メンバーの人はGitHubの勉強も兼ねて積極的にCommit&Pushしてください。バージョン管理ですので間違ったCommitをしても大丈夫です。 不安がある人はまずYouTubeでGitHubとは何かを学んだり、 後藤先生の解説を読んだり、 渡邊先生のGitHub演習を読んだりしてから作業してください。 心配ならばCommit&Pushの代わりにPull Requestをしてくれれば教員がレビュー後にマージします。

• テスト用のリポジトリ(test)があります。まずはそこで自由に遊んでください。
• Markdownの書き方を調べて README.md を書いてみましょう。テスト用のリポジトリにディレクトリを作成してREADME.mdを書き、Commit&Pushしてみてください。
• README.md は作業ディレクトリ毎に作成します。そのディレクトリの案内役です。他のメンバーや2週間後の自分(2週間たてば現在の作業はすっかり忘れています！)のためを思って書きましょう。そのディレクトリですぐに作業できる情報を書くことを心がけましょう。
• ファイル名を周りのファイルの慣習にあわせましょう。そのほうが他人がみて意図がわかりやすくなります。

• notebooks (private) 思いついたことを試しているJupyter notebooks

• MDToolbox.jl 開発しているJuliaパッケージ

• differentiable 微分可能アプローチ

• afm (private) AFM解析

• t1r (private) 味覚受容体

• vhh (private) VHH抗体 (nanobody)

• fugaku (private) 富岳

• fret (private) FRET解析

• md_inputs 様々な分子のMDインプット

• tau (private) タウたんぱく質

• aqds (private) AQDS and Bovine Serum Albumin

• pngase (private) PNGase

• test 🔰初めての人が触ってみるテストリポジトリ

• ガイダンス.md 研究室ガイダンス

• Macのセットアップ.md Macのセットアップ

• Macの使い方.md Macの使い方

• 研究室サーバの使い方.md 研究室サーバの使い方

• 外部から研究室サーバへの接続方法.md 外部から研究室サーバへの接続方法

• 研究室サーバの管理.md 研究室サーバの管理

• 論文紹介の仕方.md 論文紹介の仕方

• (作成中)研究のワークフロー.md

• 修論・卒論の書き方.md 修論・卒論の書き方

• slide 進捗報告、論文紹介、研究発表に使うスライドのテンプレート

• thesis (private) 卒論・修論関連ファイル

• conference (private) 学会発表関連ファイル

• pymol.md PyMOLチュートリアル

• vmd.md VMDチュートリアル

• blender.md Blenderチュートリアル

• MDシミュレーションのtips.md MDシミュレーションのtips

• tutorial_analyzingMDdata MDデータ解析のチュートリアル

• GPTs 修論・卒論をチェックするbot

• GPTs 発表スライドをチェックするbot

• GPTs 発表スライドから質問するbot

• GPTs 画像からmatplotlibコード

• tutorial_hmm 隠れマルコフモデルのチュートリアル

• lecture_ML 講義「機械学習」の Colab notebooks

• lecture_ML_julia 講義「機械学習」の notebooks (古いものでJuliaで書いてある)

• lecture_OR 講義「オペレーションズリサーチ」の Colab notebooks

• lecture_ode 微分方程式関連の講義の notebooks (Juliaで書いてある)

• protein G Correcting folding pathway of Protein G by integrative modeling with Markov state model

• myosin V Hidden Markov Modeling of Myosin V Walking on Actin Filament using High-Speed Atomic Force Microscopy Data

• capsid Explicit description of viral capsid subunit shapes by expanding dihedrons

• differentiable_BTR End-to-end differentiable blind tip reconstruction for noisy atomic force microscopy images

• paper_mbar Use of multistate Bennett acceptance ratio method for free-energy calculations from enhanced sampling and free-energy perturbation

• paper_ogane2022 Development of hidden Markov modeling method for molecular orientations and structure estimation from high-speed atomic force microscopy time-series images

• paper_higashida2021 Enhanced Conformational Sampling of Nanobody CDR H3 Loop by Generalized Replica-Exchange with Solute Tempering