Daniel Becke fait ses débuts au cyclisme au plus haut niveau par la piste. À vingt ans, il remporte l'épreuve de poursuite par équipes de la manche berlinoise de la coupe du monde. L'année suivante, il est sacré champion d'Allemagne de la discipline, puis champion du monde avec Robert Bartko, Guido Fulst et Jens Lehmann. Cette équipe devient championne olympique à Sydney, en battant le record olympique en 3 minutes 59 secondes et 71 centièmes. Avec Sebastian Siedler remplaçant Bartko, la Mannschaft conserve également son titre de championne du monde à Manchester.
En 2001, Daniel Becke signe un premier contrat professionnel avec l'équipe Coast. Ce passage à la route s'avèrera moins fructueux que sa jeune carrière sur piste. En 2003, il participe pour la première fois au Tour de France, aux côtés de Jan Ullrich. L'année suivante, il s'engage avec l'équipe espagnoleIlles Balears, puis en 2006 dans la nouvelle équipe Milram[1]. Ses meilleurs résultats durant ces années sont une quatrième place au championnat d'Allemagne du contre-la-montre et une neuvième place lors de la dernière étape du Tour d'Espagne 2002, également contre-la-montre[2].
Non-conservé par Milram à la fin de la saison 2006, il retrouve l'équipe Thüringer Energie avec laquelle il reprend la piste. En juillet 2007, il publie une lettre ouverte destinée à la classe politique allemande. S'estimant pénalisé durant sa carrière par les pratiques de dopage de certains coureurs, il y demande l'adoption de mesures plus sévères contre le dopage[3]. Il met fin à sa carrière à l'issue de la saison 2008.