Fagan fu scelto nel corso del quarto giro (102º assoluto) del Draft NFL 1986 dai San Francisco 49ers[1]. Fu uno dei migliori defensive lineman della lega nella difesa sulle corse, prima che infortuni alla schiena, alla spalla e alle ginocchia lo costrinsero al ritiro dopo la stagione 1994. Nel 1990, Fagan fu inserito dalla United Press International nel Second-team All-Pro dopo avere terminato con un primato in carriera di 9,5 sack.
^(EN) 1986 National Football League Draft, Pro Football Hall of Fame. URL consultato il 30 agosto 2013 (archiviato dall'url originale il 20 ottobre 2013).